該步驟的目的是將目標產物從起始原材料（如器官、組織或細胞）中釋放出來，同時保護目標產物的生物活性。

由于技術和經濟原因，在這一步驟中能選用的單元操作相當有限，過濾和離心是基本的單元操作。為了加速固-液兩相的分離，可同時采用凝聚和絮凝技術；為了減少過濾介質的阻力，可采用錯流膜過濾技術，但這一步對產物濃縮和產物質量的改善作用不大。

該步驟僅有有限的幾類單元操作可選用，但這些技術對產物有高度的選擇性，用于除去有類似化學功能和物理性質的可溶性雜質，典型的單元操作有色譜分析、電泳和沉淀等。

產物的最終用途和要求決定了最終的加工方法，濃縮和結晶常常是操作的關鍵，大多數產品必須經過干燥處理，有些還需進行必要的后加工處理（如修飾、加入穩定劑）以保護目標產物的生物活性。